Seksi Pendidikan Agama Islam mempunyai tugas melaksanakan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi di bidang Pendidikan Agama Islam pada satuan pendidikan umum.
Dalam pelaksanaannya, tugas tersebut dapat dijabarkan dalam beberapa fungsi utama:
A. Pelayanan Pendidikan Agama Islam
Memberikan pelayanan administrasi dan fasilitasi kepada guru PAI, pengawas PAI, satuan pendidikan, serta pemangku kepentingan terkait.
B. Pembinaan Guru PAI
Melaksanakan pembinaan dan pengembangan profesionalisme guru Pendidikan Agama Islam pada satuan pendidikan umum.
C. Pengembangan Kompetensi
Memfasilitasi kegiatan peningkatan kompetensi dan profesionalisme guru PAI melalui pelatihan, workshop, seminar, komunitas belajar, KKG, MGMP, dan kegiatan pengembangan lainnya.
D. Pembinaan Pengawas PAI
Melaksanakan koordinasi dan pembinaan terhadap pengawas Pendidikan Agama Islam dalam rangka meningkatkan mutu pengawasan dan pembinaan satuan pendidikan.
E. Pengelolaan Data dan Informasi
Melakukan pendataan, pemutakhiran, pengelolaan, dan pemanfaatan data Pendidikan Agama Islam sebagai dasar perencanaan dan pengambilan kebijakan.
F. Pembinaan Satuan Pendidikan
Melakukan koordinasi dan pembinaan penyelenggaraan Pendidikan Agama Islam pada satuan pendidikan sesuai kewenangan.
G. Fasilitasi Program Pendidikan Agama Islam
Mendukung pelaksanaan program prioritas Kementerian Agama di bidang Pendidikan Agama Islam di wilayah Kabupaten Ponorogo.